赵无极(何中华 饰)向皇上禀明了齐王(方中信 饰)在路上遭人刺杀的事，皇帝(宋运成 饰)因此震怒，责令赵无极追查此事。赵无极送齐王前往皇上赐予齐王的潜龙邸，在路上，齐王希望赵无极能帮助自己找到自己的侍女苏溢清(迪丽热巴 饰)。赵无极一口应下。刘吉(沈保平 饰)和皇后(白珊 饰)得知皇帝已经知道此事并决心追查，顿时阵脚大乱，因为一旦皇上知道他们是追杀齐王的幕后主使，那刘吉和皇后都将人头不保。此时此刻，皇后和刘吉也只得采取息事宁人的策略，他们决定先清除自己的作案痕迹，稳住齐王，避免多生事端。
通州临河村，摔下山崖的申力行(林峰 饰)(林峯 饰)和苏溢清并未死去，而是被路过的村民搭救。苏溢清醒来之后便立刻要前往京城。受了箭伤的申力行则被送到父亲故交的医馆疗伤。此时，处理善后事宜的方毅(白海龙 饰)来到了通州，四处追查申、苏二人下落，刚刚从村民家中出来的苏溢清被他们发现了，正当苏溢清束手无策，即将被抓的时候，受赵无极指派的东厂特务来到把她救下。而申力行就没有如此幸运，方毅到医馆查找无果，恼羞成怒，防火烧了医馆，申力行和父亲的那位故交躲到地下室强行撑过烟熏火燎直至昏死过去，方才幸免于难。申力行睁开眼睛，看到了自己的父亲。得知因为爱子的缘故，导致医馆被付之一炬，且死了一位弟子，申梓木(黄文豪 饰)感觉愧对故友，对着申力行连抽好几个巴掌，旁边的仆人慌忙来劝劝阻，毕竟申力行身上的箭伤还没好。申力行想要去找父亲的弟子言亦冬，让他帮助自己加入六扇门。深知官场险恶的申梓木坚决不同意，让他守好家业，做好地主才是王道。此时言亦冬为了京城的一起凶杀案赶到通州申家，找师傅申梓木去帮助侦破此案，以应对刑部命令。
申梓木在验尸过程中发现，死者身上的致命伤是肋部的刀伤，根据其黑黑的牙齿，申梓木判断此人应该吸食鸦片成瘾。而下体受过阉割，以及脸上纵横交错的刀伤，只是为了掩人耳目，混淆视听，扰乱捕快办案思路。于是，申梓木让人去查宫里最近有没有失踪的公公。
来到了潜龙邸的齐王让自己手下人帮自己婉拒了众多大臣的见面请求，可刘吉却不顾阻拦，执意要见齐王。齐王接见了刘吉，刘吉称自己找到了暗杀齐王的凶手，请齐王和他一起前去查看。可当齐王与刘吉一起来到大牢的时候，见到的却只是几具面目全非的尸体。刘吉与自己手下的锦衣卫都指挥使刘进(周帅 饰)相互配合，演起双簧，将刺杀齐王的黑锅推到了绿林豪杰的身上。心知肚明的齐王看穿了他们演的这出把戏，但却没有当场戳穿。刘吉看到齐王模棱两可的态度，决定清除自己曾追杀齐王的痕迹。于是，派方毅曾经的手下孙乾(龙昇 饰)杀方毅灭口，并许诺事成之后有其接替方毅的百户职位。重赏之下必有勇夫，孙乾不顾往日情谊，趁方毅搜捕申力行之后筋疲力尽之时，凶残杀死方毅，取出了方毅身上象征着百户身份的铭牌，取代了他的位置。
苏溢清来到了京城，找到了齐王，向其引荐一路帮助自己化名为程咬金的申力行，希望齐王把此人当做京城的心腹。齐王答应要找到申力行以报恩，但是却没有发展自己在京城的势力的想法，他决定安心回到济南做自己的藩王。此时，赵无极上门求见，齐王向赵无极表达了自己想要离京的想法，希望赵公公派人帮忙护送，而赵无极告诉齐王朱见溢，一旦离开京城，那就必死无疑。