汤姆不小心丢失的魔法树液石被湖中的哇乌贼吃掉了，吞掉树液石后，哇乌贼开始无限变大，不仅威胁到了奇博士的家，甚至会给城堡带来灾难。

来到城堡的汤姆发现朋友们都在躲着自己，伤心的他想要寻找到朋友们反常的原因，却在寻找过程中不慎被奇博士的大小变换器击中，变得非常小。

盆栽轮到汤姆照看了，现在正值盆栽成长的重要时期。奇博士发明了一个天气机器人，可以随意改变天气。