希望二王子兄妹三人与众人合力战胜了坏蛋三兄弟，他们摧毁了机械神兽，布偶国又重新恢复了宁静，神兵小将们也获得了神兽学校的毕业证书。

坏蛋三兄弟伪装成三贤臣，骗取了大家的信任，原来坏蛋三兄弟一直在制造机械神兽，想要控制整个世界。

天晶兽在上次失败后一直昏迷，幸得东方铁心唤醒了它，他们决定一起去布偶乐园战胜坏蛋三兄弟。